در حالی که چند روز بیشتر از درگذشت علامه سید جعفر شهیدی که به اذعان همگان فردی متعبد ، نیک سیرت و متخلق به اخلاق بوده ، دکتر عبدالکریم سروش در مطلبی بدون سند که امروز در روزنامه کارگزاران درج شد ، تلاش کرد تا علامه شهیدی را در ردیف همفکران خود قرار داده و از زبان او برخی دیگر از صاحبنظران را مورد طعن و استهزاء قرار دهد.

دکتر سروش که بنا به دلایل شخصی و روانی ، کینه ای نامعقول و غیر طبیعی نسبت به دکتر احمد فردید (از اساتید درگذشته دانشگاه تهران) در دل دارد و به رغم گذشت سال های طولانی از فوت این فرد ، به هر بهانه ای وی را هدف دشنام و استهزاء قرار می دهد ، در مقاله خود به مناسبت درگذشت دکتر شهیدی ، ادعا کرده است:

« (دکتر شهیدی) با بافندگان بر سر مهر نبود. می گفت روزی با «فردید»به دانشگاه می رفتیم .می خواست سخنرانی کند. از او پرسیدم سخنرانی تان به زبان فارسی است یا آلمانی .گفت چرا آلمانی ؟همه فارسی زبان اند و من هم به فارسی سخن خواهم گفت. گفتم آخر اگر شما به آلمانی سخن بگویید ،مترجم مسکین برای حفظ وجه آبروی خود مجبور است چند کلمه معقول  تحویل مستمعان بدهد ،اما از سخنرانی فارسی شما ، چیزی دستگیر کسی نمی شود !»

برای کسانی که از نزدیک با مشی و اخلاق دکتر شهیدی آشنا هستند باور  نقل چنین سخنی از سوی او - که لابد تنها شنونده آن هم دکتر سروش بوده !- سخت است چرا که مرحوم علامه شهیدی نه تنها در برابر صاحب نظران واساتید دانشگاه - از جمله فردید - بلکه در برابر دانشجویان نیز بسیار متواضع و فروتن بود و به هیچ وجه سخنی مغایر ادب و احترام بر زبان نمی آورد و بر خلاف دکتر سروش که منتقدان خود را با دشنام و طعن و کنایه و هجو مورد حمله قرار می دهد ، هیچ گاه اهل طعن و نیشخند به دیگران نبود. و باز هم بر خلاف دکتر سروش ، هیچ گاه به صفت تکبر و خودبزرگ بینی آلوده نشد. مضافا" اینکه حوزه تخصصی علامه شهیدی ، تاریخ اسلام و نهج البلاغه و ادبیات بود و طبعا" ایشان روا نمی داشته که درباره دیدگاه های دکتر فردید که استاد فلسفه بود -آن هم به شیوه ای که دکتر سروش ادعا نموده- با طعن و استهزاء سخنی بر زبان آورد.

دکتر سروش همچنین در ادامه مقاله خود تلاش نموده تا به نوعی دکتر شهیدی را پیرو فلاسفه غربی و مخالف با عالمان شیعه قلمداد نموده و ضمن اشاره به تعبد علامه شهیدی ، نوشته است:« به عبادات بسیار ملتزم بود .نیاز نیمه شبی وگریه سحری او هیچ گاه ترک نمی شد ساعتی کوچک در جیب داشت که او را برای تهجد بیدار می کرد .این را بار ها دیده بودم .نماز های روزانه را هیچ گاه به تاخیر نمی انداخت و در آغاز وقت ادا می کرد .اما در احکام اجتماعی،فقیهان را چندان قابل تقلید نمی دانست و گویا با اجتهاد خود عمل می کرد ...این ایمان خالص را اما هیچ گاه به جدل های کلامی آلوده نمی کرد .گویی پیرو سخن «تامس هابز» بود که دیانت را باید چون کپسولی بلعید آن را نباید جوید » !

همچنین در حالی که دکتر سید جعفر شهیدی در زمره مدافعان جدی اعتقادات شیعی بود ، دکتر سروش تلاش نموده تا او را مخالف اعتقادات کنونی شیعه قلمداد نموده و  چنین و نوشته است:«یک شیعی معتدل بود و از غلو و خرافه در اعتقاداتش نشانی نبود.نگاه تاریخی او به سیر تشیع و تسنن بسیار «علمی » بود . این جمله را او هیچ گاه از یاد نمی برم که می گفت امروز غلو در میان شیعیان چنان بالا گرفته که شیعیان قرن هفتم ،سنیان قرن چهاردهم اند.»

گفتنی است نه تنها دکتر شهیدی بلکه قاطبه مجتهدان و فقهای شیعه نیز با خرافه و غلو مخالفند .اما در این مقال  آقای دکتر سروش تلاش نموده تا تلویحا " دکتر شهیدی را همفکر خود در نفی غلو - که البته مساوی با انکار برخی اعتقادات اساسی شیعه از جمله عصمت ائمه و مهدویت (که دکتر سروش منکر آنها هستند )- قرار دهد.  

این در حالی است که نوشته ها و کتب و سخنرانی های دکتر شهیدی آکنده از دفاعیات قاطع و مستند از حقانیت شیعه و ائمه اطهار است.

 بسیاری از دانشجویان دانشگاه تهران به خاطر دارند که در مسجد کوی دانشگاه ، بعد از سخنرانی علامه شهیدی درباره مناقب حضرت فاطمه زهرا(س) برخی پیروان فکری دکتر سروش در دفتر تحکیم ، دکتر شهیدی را به خاطر تاکید بر شهادت حضرت زهرا(س) - و نه وفات ایشان-  به باد انتقاد گرفتند اما آن علامه فقید با ارائه اسناد محکم  تاریخی اثبات کرد که حضرت زهرا(س) به دست دشمنان ولایت علی(ع) به شهادت رسیده است.